Abbasiler'in II. Dönemi, halife Me'mun döneminde orduya Türklerin alınmaya başlanması ve özellikle Mu'tasım Billah döneminde bu politikanın zirveye ulaşıp kurumsallaşmasıyla karakterize edilir. Mu'tasım, Arap ve Fars unsurlar arasındaki çekişmelerden ve güven bunalımlarından kaçınmak amacıyla Türklerden oluşan 4.000 kişilik özel bir muhafız birliği kurmuş, bu durum devlet yönetiminde ve orduda Türk nüfuzunun hızla artmasına zemin hazırlamıştır.
Türk kumandanların devlet nezdindeki bu hızlı yükselişi ve saygın konumları, bazı Arap devlet adamları ile Türk askerler arasında şiddetli bir iktidar ve nüfuz mücadelesini tetiklemiştir. Bu mücadelenin en açık göstergelerinden biri, büyük nüfuza sahip Türk komutan Afşin'in rakiplerinin kışkırtmaları sonucu 840 yılında tutuklanması ve ertesi yıl hapishanede hayatını kaybetmesidir. Afşin'in tasfiyesine rağmen yerine bir diğer Türk kumandan Eşnas'ın geçmesi, Türklerin ordudaki ağırlığının değişmediğini göstermiştir.
Bağdat'taki Arap ve yerleşik unsurların Türk askerlerinin baskısından ve halkla olan sürtüşmelerinden rahatsız olması üzerine Halife Mu'tasım, 836 yılında başkenti Bağdat'tan çıkararak Samarra şehrini kurmuş ve burayı yeni idari merkez yapmıştır. Samarra dönemi, halifelerin artık Türk muhafız alayları ve kumandanlarının desteği veya baskısı olmadan hareket edemediği, hatta halife tayin edip azledebildikleri yeni bir dönemin adresi olmuştur.
Mu'tasım'ın 842 yılında vefatının ardından yerine geçen Vâsık-Billâh döneminde, merkezi otoritenin zayıflamasından cesaret alan çeşitli kabile isyanları ve yerel ayaklanmalar patlak vermiştir. Hilafetin ilk günlerinde Kays kabilesinin Şam valisinin sarayını kuşatması ve Hicaz ile Yemâme bölgelerinde bedevi Arap kabilelerinin yağma ve çapulculuk hareketlerine girişmesi ciddi bir güvenlik krizi yaratmıştır.
Hicaz bölgesinde Süleym oğullarının liderliğinde başlayan ve Mekke-Medine yolunu kontrol altına alarak hac yolunun kapanmasına yol açan tehlikeli isyanlar, Halife Vâsık tarafından görevlendirilen deneyimli kumandan Boğa el-Kebîr tarafından bastırılmıştır. Boğa, Süleym ve Hilal kabilelerinin yanı sıra Gatafan, Eşca' ve Kılâboğulları gibi çevre kabileleri de taat altına alarak bölgede geçici bir istikrar sağlamıştır.
Bu dönemde idari açıdan önceki halifelerin politikaları sürdürülmüş; Eşnas ve İnak gibi Türk kumandanlar ordu başkomutanlığı ve Mısır, Yemen, Horasan gibi geniş eyaletlerin valiliklerini üstlenmişlerdir. Ayrıca, Mutezile mezhebinin resmi görüşü olan Kur'an'ın yaratılmış olduğu inancını (halku'l-Kur'an) kabul etmeyen ulemaya yönelik mihne uygulamaları şiddetle devam ettirilmiş, Ahmed b. Hanbel gibi âlimler baskı altında tutulmuştur.
Vâsık'ın ardından 847 yılında devlet adamlarının ve Türk kumandanların katılımıyla yapılan ilk meclis toplantısıyla tahta çıkarılan Mütevekkil-Alellâh, Türk nüfuzunun halife tayin edebilecek boyuta ulaştığı bir dönemde iktidara gelmiştir. Mütevekkil, önceki dönemlerin aksine mihne uygulamalarına son vermiş, Mutezile baskılarını kaldırarak Sünni ulemaya ve Ahmed b. Hanbel'e iade-i itibarda bulunmuştur.
Türk kumandanlarının aşırı baskısından ve vesayetinden son derece rahatsız olan Mütevekkil, onların nüfuzunu kırmak amacıyla Türk lider İnak et-Türkî'yi katlettirmiş ve 858 yılında başkenti Arap unsurun ağırlıklı olduğu Şam'a taşımaya teşebbüs etmiştir. Ancak ordudaki Türk birliklerinin isyanı ve Şam iklimine uyum sağlanamaması nedeniyle iki ay içinde Samarra'ya geri dönmek zorunda kalmış, ardından Samarra yakınlarında Ca'feriyye şehrini kurarak buraya yerleşmiştir.
Mütevekkil'in Türkler'e karşı denge unsuru oluşturmak amacıyla Arap, Fars ve diğer unsurlardan yeni askeri birlikler kurması, saray içi çekişmeleri tırmandırmıştır. Sonuç olarak, büyük oğlu Muntasır'ın veliahttan azledilmek istenmesi üzerine Türk kumandanlarla işbirliği yapan Muntasır'ın teşvikiyle 861 yılında suikasta kurban gitmiştir. Bu olay, İslam tarihinde muhafız birlikleri tarafından öldürülen ilk halife olarak adını yazdırmıştır.
Mütevekkil'in öldürülmesinden sonra hilafet makamı hızla el değiştirmeye başlamış; Muntasır, Müstaîn, Mu'tez ve Mühtedî gibi halifeler tamamen Türk kumandanların (Vasîf, Boğa el-Sağîr, Salih b. Vasîf vb.) elinde kukla haline gelmiştir. Bu dönemde maaşlarını alamayan Türk askerleri ile Kuzey Afrikalı Meğâribe birlikleri arasında ve Türk kumandanların kendi aralarında sürekli kanlı iktidar mücadeleleri yaşanmıştır.
Müstaîn döneminde Türklerin baskısından bunalan Bağdat halkı ve Şâkriyyeler ayaklanmış, aynı anda hem Bağdat'ta hem Samarra'da iki halifenin ortaya çıkmasıyla iç savaş çıkmıştır. Mu'tez döneminde ise Ahmed b. Tolun Mısır'da yarı bağımsız Tolunoğulları Hanedanı'nı kurarak Abbasi merkezi dışındaki ilk büyük kopuşlardan birini gerçekleştirmiştir.
Mühtedî'nin kısa süren iktidarı sırasında Musul'u tehdit eden Harici isyanları ve Zenc kölelerinin Doğu Afrika sahillerinden getirilerek Batıha civarında başlattığı devasa Zenc İsyanı devleti sarsmıştır. Mühtedî de Türk kumandanlarına karşı uyguladığı başarısız dengesizlik politikaları sonucunda tahttan indirilip öldürülmüştür.
Mu'temid-Alellâh döneminde devletin idaresi fiilen kardeşi Muvaffak'ın eline geçmiştir. Bu dönemin en uzun soluklu ve devleti en çok yıpratan olayı, Ali b. Muhammed ez-Zencî'nin önderliğinde Basra tarla ve tuzlalarında çalışan köleleri zenginlik ve hürriyet vaadiyle etrafına toplayarak başlattığı Zenc İsyanı'dır. Hz. Ali soyundan geldiğini iddia eden liderin çıkardığı bu isyan, Übülle, Abadan ve Ahvaz'ı ele geçirip Basra'yı yağmalamasıyla kontrolden çıkmıştır.
Yaklaşık on beş yıl boyunca devletin varlığını tehdit eden Zenc İsyanı, Muvaffak'ın uzun askeri mücadeleleri sonucunda 883 yılında lideri Ali b. Muhammed'in öldürülmesiyle ancak bastırılabilmiştir. Bu iç karışıklıklar sürerken Yakub b. Leys es-Saffâr doğudan batıya doğru geniş bir alan ele geçirmiş, Mısır'da Ahmed b. Tolun Suriye'yi de içine alan egemenlik kurup sikke bastırmıştır.
Mu'temid Samarra'da oturan son Abbasi halifesi olmuş, kardeşi Muvaffak'ın 889'da Samarra'yı terk ederek Bağdat'a dönmesiyle birlikte Türk nüfuzunun Samarra'daki askeri ve siyasi hakimiyet süreci zayıflama sürecine girmiştir.
Merkezi idarenin zayıfladığı bir dönemde iş başına gelen Mu'tazıd-Billâh, devletin dağılmasını önlemek amacıyla sert tedbirler almış ve kısmi bir toparlanma sağlayarak 'İkinci Seffâh' lakabıyla anılmıştır. Mu'tazıd, Mısır ve Suriye'deki Tolunoğulları ile ilişkileri düzeltmiş, Saffârîlerin Mâverâünnehir'e yönelmesi üzerine bölgenin hakimiyetini Sâmânîlere vermiştir.
Bu dönemin en tehlikeli dini-siyasi hareketlerinden biri de Hamdan b. Karmat'ın adıyla anılan Karmatîlik olmuştur. Ebû Said el-Cennâbî liderliğinde Bahreyn ve çevresinde hakimiyet kuran Karmatîler, kırsal bölgelerdeki hoşnutsuzluklardan beslenerek Abbasi ordularına karşı büyük zaferler kazanmışlardır.
Müktefi-Billâh döneminde ise Suriye ve Bahreyn cephelerinde Karmatî liderleri ardı ardına mağlup edilerek bastırılmış, Mısır'a gönderilen büyük bir orduyla 905 yılında Tolunoğulları Devleti ortadan kaldırılarak bölge yeniden merkeze bağlanmıştır. Ancak Bizans sınırındaki çatışmalar ve iç politikadaki çekişmeler devam etmiştir.
Muktedir-Billâh'ın çok küçük yaşta tahta çıkması, vezirlerin ve saray bürokratlarının devlet yönetimini tekeline almasına yol açmıştır. Bu dönemde Bahreyn Karmatîleri lideri Ebu Tahir el-Cennâbî'nin Basra'yı işgal etmesi, hac kafilelerini kılıçtan geçirmesi ve 930 yılında Kâbe'ye baskın düzenleyerek Hacerülesved'i söküp Hecer'e götürmesi İslam dünyasında derin bir travma yaratmıştır.
Muktedir'in başkumandan Munis el-Muzaffer ile ters düşmesi sonucu 932 yılında öldürülmesi, halifelerin askeri güçler karşısındaki manevi ve siyasi otoritesini tamamen sıfırlamıştır. Kahir-Billâh'ın kısa ve kanlı iktidarının ardından Râzî-Billâh döneminde, yüksek bürokratlar ile ordu komutanları arasındaki şiddetli güç mücadeleleri 'Emirülümeralık' müessesesinin kurulmasına yol açmıştır.
Halife Râzî, devlet otoritesini yeniden tesis etmek amacıyla 936 yılında Basra valisi İbn Râk'ı devlet işlerinde tek yetkili 'emirü'l-ümera' tayin etmiş, böylece halifelerin siyasi yetkileri tamamen elinden alınmış ve adına hutbe okutulup para bastıran askeri diktatörler dönemi resmen başlamıştır.
Müttakı-Lillâh döneminde emirü'l-ümera olan Türk kumandanlar, İbn Râk ve Hamdaniler arasında sürekli bir iktidar mücadelesi yaşanmış, Bağdat'ta ekonomik sıkıntılar, veba salgınları ve güvenlik krizleri zirve yapmıştır. Halife Müttakı, Tüzün'ün baskılarından ve ihanet söylentilerinden kaçarak Musul'a ve ardından Rakka'ya sığınmak zorunda kalmıştır.
Tüzün'ün vefatından sonra yerine geçen İbn Şirzâd döneminde, Bağdat'ı tehdit etmekte olan Şii inancına mensup Büveyhî Hükümdarı Ahmed, Aralık 945'te Bağdat'a girmiştir. Halife Müstekfi-Billâh, onu 'Muizzüddevle' unvanıyla emirü'l-ümera tayin etmek zorunda kalmıştır.
Büveyhîlerin Bağdat'a hakim olup Türk askerlerinin şehri terk etmesiyle birlikte Abbasiler tarihinde yeni bir evre kapanmış ve 1055 yılına kadar sürecek olan Büveyhîlerin siyasi baskısı ve vesayeti dönemi resmen başlamıştır.
945 yılında Büveyhîlerin Bağdat'ı ele geçirmesiyle Abbasiler, siyasi otoritelerini tamamen yitirmiş ve halifelik makamı sadece sembolik bir dini figüre indirgenmiştir. Şii Büveyhîlerin bu baskısı, 1055 yılında Sünni inancı benimsemiş olan Büyük Selçuklu Sultanı Tuğrul Bey'in Bağdat'a girerek halifeyi bu baskıdan kurtarmasına kadar 110 yıl boyunca sürmüştür.
Selçuklular döneminde halifeler yeniden itibar kazanmışsa da siyasi egemenlik Selçuklu sultanlarının elinde kalmıştır. Selçukluların zayıflaması ve Harezmşahlar ile yaşanan mücadeleler, Doğu'dan gelen daha büyük bir felaketin, yani Moğol istilasının önünü açmıştır. Cengiz Han ve ardından Ön Asya'yı hedef alan Hülâgü Han'ın seferleri İslam dünyası için yıkım olmuştur.
Hülâgü Han komutasındaki İlhanlı ordusu, 1258 yılında Bağdat'ı kuşatarak ele geçirmiş; Halife Mustasım-Billâh bir çuvala konularak atların ayakları altında katledilmiştir. Kütüphanelerin yakıldığı, camilerin ahır olarak kullanıldığı bu büyük yıkım, yaklaşık 500 yıllık Abbasi siyasi varlığını kesin olarak sona erdirmiştir.