Canlılarda hastalıklarda meydana gelebilecek olan makroskobik ve mikroskobik morfolojik değişiklikler ile fonksiyon bozukluklarını ve hastalıkların gelişim mekanizmalarını (patogenez) inceleyen bilim dalıdır.

Doğal olarak ortaya çıkan hastalıkları gözlem, makroskobi ve mikroskobi yöntemleriyle inceleyerek lezyonların gelişimini değerlendiren ve hastalığa kesin teşhis koyan uzman hekimdir.

Ölüm nedeninin araştırılması amacıyla kadavranın belirli bir yöntemle açılması, organ ve dokularının makroskobik olarak incelenmesi işlemidir.

Organ ya da dokularda hastalıklarla ilişkili olarak ortaya çıkan her türlü morfolojik, yapısal ve patolojik değişikliğe verilen isimdir.

Ölümden sonra oluşan iskemi nedeniyle doku ve hücrelerin kendi lizozomal hidrolitik enzimleri vasıtasıyla kendi kendini eritmesi ve yıkımlaması sürecidir.

Doku ve organlardaki hücresel yapıyı yaşamın durduğu andaki şekliyle korumak ve otolizi engellemek amacıyla fiziksel veya kimyasal maddelerle yapılan sabitleme işlemidir.

Kemik ve diş gibi kalsiyum yönünden zengin sert dokuların, kesit alınabilecek yumuşaklığa getirilmesi amacıyla kalsiyum tuzlarının asitler yardımıyla uzaklaştırılması işlemidir.

Tespit solüsyonundan çıkarılan dokuların saydamlaştırılabilmesi amacıyla, tedrici olarak yükselen derecelerdeki alkol serilerinden geçirilerek suyunun giderilmesi sürecidir.

Dokulardaki alkolü uzaklaştırarak parafinin dokuya nüfuz etmesini kolaylaştırmak amacıyla ksilol gibi eriyiklerle dokunun şeffaflaştırılması işlemidir.

Saydamlaşmış dokuların kolay kesilebilmesini sağlamak amacıyla, erimiş sıcak parafin veya benzeri maddelerin doku gözeneklerine nüfuz ettirilmesi işlemidir.

Parafin emdirilmiş doku örneklerinin, mikrotomda kesilebilmesi için özel metal kalıplar içerisinde parafin dondurularak blok haline getirilmesi sürecidir.

Parafin bloklara gömülmüş dokulardan mikroskobik inceleme için 4-6 mikron kalınlığında son derece ince kesitler almaya yarayan hassas cihazdır.

Acil tanı veya özel çalışmalar için dokuların -20 ila -80 °C'de dondurularak 6-8 mikrometre kalınlığında hızlı kesitlerinin alınmasını sağlayan dondurma mikrotomudur.

Hücre çekirdeğindeki asidik DNA fosfat gruplarına bağlanarak çekirdeği koyu mavi-mor renge boyayan bazik karakterli rutin patoloji boyasıdır.

Hücre sitoplazmasında, kas dokusunda ve kollajende bulunan bazik proteinlere bağlanarak bu yapıları pembe-kırmızı renge boyayan asidik karakterli boyadır.

Boyama öncesinde lam üzerindeki doku kesitlerinde bulunan parafinin, ksilol ve alkol serileri yardımıyla tamamen eritilerek uzaklaştırılması işlemidir.

Hücrelerin tek tek ya da küçük gruplar halinde özel yöntemlerle toplanıp boyanarak mikroskop altında incelenmesiyle hızlı tanı koymayı amaçlayan bilim dalıdır.

Boyama işlemi tamamlanan doku kesitlerinin üzerini lamel ile kapatarak havayla temasını kesmek ve kalıcı preparat haline getirmek için kullanılan yapıştırıcı maddedir.