Rönesans dönemi, Ortaçağ'ın skolastik dogmalarından ve kilisenin teolojik baskısından sıyrılarak insanı, doğayı ve evreni akıl ve gözlem temelinde yeniden ele alma çabalarının yoğunlaştığı bir dönemdir. Bu süreçte özellikle antik felsefenin yeniden keşfi, doğa bilimlerindeki devrim niteliğindeki gelişmeler ve ilk modern düşünürlerin geliştirdiği köktenci yöntemler, felsefenin ve bilimin seyrini tamamen değiştirmiştir.
Dönemin düşünsel ikliminde Aristotelesçilik ve Platonculuk gibi antik akımlar yeniden yorumlanırken, Stoacılık, Epikürosçuluk, kuşkuculuk ve atomculuk gibi felsefi akımlar da yeniden canlandırılmıştır. Özellikle Pietro Pomponazz gibi düşünürler, Aristoteles'in özgün felsefesine dayanarak skolastiğin bireysel ruhların ölümsüzlüğü gibi dogmalarını eleştirmiş, eşyanın doğal bir düzeni olduğunu savunarak mucizeleri ve büyücülüğü reddetmişlerdir.
Bilim alanında ise Copernicus, Kepler, Galileo, Paracelsus ve Telesio gibi hem bilim insanı hem de filozof olarak nitelenebilecek isimler, evrenin işleyişine dair köklü kabulleri altüst etmişlerdir. Yer-merkezli (geosentrik) evren anlayışından güneş-merkezli (heliosentrik) evren anlayışına geçiş, doğanın artık niteliksel değil, matematiksel ve niceliksel yasalarla açıklanması gerektiği düşüncesini doğurmuştur.
Rönesans biliminin en büyük kırılma noktası Nicolaus Copernicus'un 'Gök Cisimlerinin Devinimleri Üzerine' adlı yapıtıyla gerçekleştirdiği heliosentrik devrimdir. Bu kuram, dünyanın evrenin merkezi olduğu inancını yıkmış, güneşin merkezde yer aldığını ve dünyanın hem kendi ekseni etrafında hem de güneş çevresinde döndüğünü kanıtlamıştır.
Copernicus'un açtığı yoldan ilerleyen Johannes Kepler, Tycho Brahe'nin gözlem verilerinden yararlanarak gezegen yörüngelerinin daire değil elips biçiminde olduğunu keşfetmiş ve ünlü üç yasa ile mekanik evren anlayışına geçişi hızlandırmıştır. Galileo Galilei ise teleskopla yaptığı gökyüzü gözlemleri ve dinamik alanındaki çalışmalarıyla (ivme, serbest düşme, sarkaç ve eylemsizlik yasaları) modern fiziğin temellerini atmış, 'Doğa matematik dille yazılmış bir kitaptır' diyerek bilimin dilinin matematik olduğunu ilan etmiştir.
Doğa felsefesi alanında Paracelsus evrenin 'vulcanus' adı verilen genel bir ruha ve insanın 'archeus' adında bir yaşam gücüne sahip olduğunu savunarak gizemci bir doğa anlayışı ortaya koyarken; Bernardino Telesio ise skolastik soyut akıl yerine duyu algısını ve gözlemi savunarak ampirizmin öncülerinden biri olmuş, evrenin sıcak ve soğuk güçler temelinde işlediğini öne sürmüştür.
Giordano Bruno ise Copernicus'un görüşlerini evrenin sonsuzluğu ve panteizm ile buluşturmuş, evrenin her noktasında aynı fiziksel yasaların geçerli olduğunu, Tanrı'nın doğallaştıran doğa (natura naturans), evrenin ise doğallaştırılmış doğa (natura naturata) olduğunu savunarak kilise tarafından sapkın ilan edilmiş ve yakılarak idam edilmiştir.
Yeni çağın özerk felsefi düşünümüne ve modern bilimsel yönteme en büyük katkılardan biri Francis Bacon tarafından yapılmıştır. 'Bilgi güçtür' ve 'Bilmek doğaya egemen olmaktır' deyişleriyle bilimin pratik ve toplumsal yararını vurgulayan Bacon, doğayı anlamak için sağlam bir yönteme ihtiyaç duyulduğunu belirtmiştir.
Bacon, Aristoteles'in tümdengelimsel kıyas yöntemini, öncüllerde zaten bilineni tekrarladığı ve yeni buluşlar yapmaya elverişli olmadığı gerekçesiyle şiddetle reddetmiş; doğa bilimleri için tek geçerli yöntemin gözlem ve deneye dayanan tümevarım olduğunu savunmuştur.
Ancak tümevarım yöntemine geçmeden önce insan zihninin doğayı nesnel olarak kavramasını engelleyen önyargılardan arındırılması gerekir. Bacon bu önyargıları 'Zihnin Putları' (idola) adıyla dört gruba ayırmıştır: İnsan soyunun ortak doğasından kaynaklanan Soy putları; bireysel mizaç ve eğitimden oluşan Mağara putları; dilin ve sözcüklerin yanlış kullanımından doğan Çarşı-Pazar (For) putları ve yanlış felsefe sistemleri ile dogmalardan kaynaklanan Tiyatro putları.
Bacon'un tümevarım yöntemi, bir doğa olayının özünü yani 'formunu' (yasasını) yakalamak amacıyla dört basamaklı tablolar halinde uygulanır: Olgunun bulunduğu şeyler listesi, olgunun bulunmadığı şeyler listesi, olgunun dereceli olarak bulunduğu şeyler listesi ve dışta bırakma (eleme) yöntemi. Örneğin ısı konusunu incelerken ısının formunun hareket (özellikle genleşme hareketi) olduğunu bu yöntemle ortaya koymuştur.
Modern felsefenin babası ve rasyonalizmin kurucusu olan René Descartes, felsefeyi matematiğin sahip olduğu kesinliğe kavuşturmayı amaçlamıştır. Duyu verilerinin ve geleneksel bilgilerin kuşkulu olduğunu görünce, felsefede kesin ve sarsılmaz bir temel bulmak amacıyla 'yöntemsel kuşkuyu' (hyperbolik kuşku) başlatmıştır.
Descartes, duyulardan, rüya durumundan ve hatta en güvenilir bilinen matematiksel hakikatlerden bile (kötü bir cinin zihnimizi yanıltabileceği varsayımıyla) kuşku duymuş; ancak her şeyden kuşku duyarken kuşku duymakta olduğundan, yani düşünmekte olduğundan kuşku duyamayacağını fark etmiştir. Bu sezgisel kavrayışla o ünlü önermesini dile getirmiştir: 'Düşünüyorum, o halde varım' (Cogito, ergo sum).
Cogito, Descartes felsefesi için her türlü bilgi binasının üzerine kurulacağı bir 'Arşimet noktası'dır. Zihne doğrudan, açık ve seçik (clara et distincta) olarak verilen bu tinsel töz (res cogitans), aynı zamanda Tanrı'nın varlığının kanıtlanmasında da temel oluşturur. İnsanın zihnindeki yetkinlik düşüncesi ancak yetkin bir varlık olan Tanrı tarafından konulmuş olabilir (ontolojik ve koznolojik kanıtlar).
Tanrı'nın aldatıcı olmadığını ve en yetkin varlık olduğunu kanıtlayan Descartes, böylece zihnimize yerleştirilen matematiksel bilgilerin ve dış dünyanın (uzamlı töz - res extensa) varlığının da güvenilir olduğunu garanti altına almıştır.
Descartes tözü 'var olmak için kendisinden başka hiçbir şeye gereksinim duymayan şey' olarak tanımlar. Sonsuz töz olan Tanrı'nın yanı sıra, evrende birbirinden tamamen bağımsız ve indirgenemez iki sonlu töz bulunur: Ruh tözü (düşünen şey / res cogitans) ve madde tözü (uzamlı şey / res extensa). Ruhun özü düşünmek, maddenin özü ise yer kaplamaktır (uzam).
Madde tözünün egemen olduğu fizik evren, hiçbir boşluk içermeyen, tamamen mekanik yasalara (çarpma, basınç, yer değiştirme) göre çalışan dev bir makinedir. Hayvanlar da ruh tözünden yoksun oldukları için birer otomat (makine) gibidirler. İnsan ise hem düşünen ruha hem de uzamlı bedene sahip olduğu için bu iki farklı tözün kesişim noktasıdır.
Ruh ile bedenin insanda nasıl etkileştiği sorunu Kartezyen felsefenin en çetin sorunudur. Descartes bu sorunu çözmek için beynin ortasında yer alan ve tek olan 'kozalaksı bez' (pineal bez / pituiter bez) kavramını öne sürmüştür; ruh bu bez aracılığıyla bedenle etkileşime girer. Hayvanların ruhu yoktur, insan bedeninin fizyolojik süreçleri de mekaniktir ancak insan ruh sahibi bir varlıktır.
Descartes sistemli bir ahlak kitabı yazmamış olsa da, geçici törebilim kuralları geliştirmiştir: Ülkenin yasalarına ve törelerine uymak, seçilen eylem yolunda kararlı olmak, dış koşullara ve talihe direnmeyip kendini onlara uydurmak ve en iyi yaşam uğraşını seçmek. Tutkuların akıl ve istenç gücüyle denetlenmesi gerektiğini savunan Descartes, Stoacı ahlak anlayışına yakın durmuştur.
Descartes'ın zihin-beden düalizminin yarattığı çözümsüzlük (uzlaşmaz iki tözün nasıl etkileştiği sorunu), kendisinden sonra gelen Kartezyen düşünürler tarafından çözülmeye çalışılmıştır. Arnold Geulincx ve Nicolas Malebranche bu soruna 'Veslecilik' (Okazyonalizm / Ara-nedencilik) adı verilen ortak bir çözüm getirmişlerdir.
Geulincx'e göre, ne ruh bedendeki bir hareketin gerçek nedenidir ne de beden ruhtaki bir duyumun nedenidir. İnsan zihnindeki isteme ile bedendeki hareket arasında ya da bir nesnenin başka bir nesne üzerinde değişiklik yaratmasında asıl etken olan ne nesnelerdir ne de insandır; tek gerçek neden Tanrı'dır. İnsanın iradesi veya nesnelerin teması sadece birer 'vesile' (fırsat) nedenidir. En yüksek erdem Tanrı sevgisi ve dış dünyadan el etek çekerek mutlak alçakgönüllülükle Tanrı'ya bağlanmaktır.
Nicolas Malebranche ise Augustinusçuluk ile Descartesçılığı birleştirerek 'ruhsal-fiziksel paralellik' (okazyonalizm) görüşünü savunmuştur. Ona göre de beden ruhu etkileyemez; insan kolunu kaldırmak istediğinde o kolu hareket ettiren insan iradesi değil, yalnızca Tanrı'dır. Yaratıcı neden sadece Tanrı olduğundan, evrendeki tüm olaylar Tanrı'nın sürekli ve doğrudan müdahalesiyle vesilesel olarak gerçekleşmektedir.