Türk sağlık sistemi, politika belirleyen, idari kararlar alan, hizmet sunan ve finansman sağlayan çok sayıda paydaştan oluşan karmaşık bir yapıya sahiptir. Sistemin temel hizmet sunucusu Sağlık Bakanlığı olmakla birlikte; Milli Savunma Bakanlığı, üniversiteler, belediyeler, kamu iktisadi kuruluşları, vakıflar ve kar amaçlı özel sektör kuruluşları da sağlık hizmeti sunumunda yer almaktadır.
Finansman tarafında en temel kuruluş Sosyal Güvenlik Kurumu (SGK) iken, Maliye Bakanlığı, özel sigortalar ve vatandaşların cepten yaptığı harcamalar da sistemin finansal kaynaklarını oluşturur. Politika oluşturma süreçlerinde ise Sağlık Bakanlığı'nın yanı sıra sivil toplum kuruluşları ve çeşitli planlama birimleri aktif rol oynamaktadır.
Türkiye'de birinci basamak sağlık hizmetlerinin tek resmi sunucusu Sağlık Bakanlığı'dır. Bu hizmetler aile sağlığı merkezleri, toplum sağlığı merkezleri, AÇSAP merkezleri ve verem savaş dispanserleri aracılığıyla yürütülmektedir.
Sağlık Bakanlığı, devletin sağlık sektöründeki temel karar verici ve uygulayıcı organıdır. 663 sayılı KHK ile yeniden yapılandırılan merkez teşkilatı; Bakan, Müsteşar, Müsteşar yardımcıları ve bunlara bağlı hizmet birimlerinden oluşur. Bakan, tüm bakanlık faaliyetlerinden Başbakana karşı sorumludur.
Müsteşar, Bakanın emrinde hizmetlerin yürütülmesini sağlar ve Bakanlığın tüm birimlerine emir verme yetkisine sahiptir. Bakanlığın politika belirleme süreçlerinde ise 11 üyeden oluşan 'Sağlık Politikaları Kurulu' görev yapar. Bu kurul, uzmanlık gerektiren konularda danışma kurulları oluşturabilir.
Bakanlığa bağlı dört ana kuruluş bulunmaktadır: Türkiye Halk Sağlığı Kurumu, Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu, Türkiye Hudut ve Sahiller Sağlık Genel Müdürlüğü ve Türkiye Kamu Hastaneleri Kurumu. Bu kuruluşlar, özel bütçeli ve kendi görev alanlarında uzmanlaşmış yapılardır.
Türkiye Kamu Hastaneleri Kurumu, ikinci ve üçüncü basamak sağlık hizmetlerinin sunumundan sorumludur. Bu kurum, kaynakların verimli kullanımı için il düzeyinde 'Kamu Hastaneleri Birlikleri' kurmuştur. Birlik teşkilatı genel sekreterlik ve hastane yöneticiliklerinden oluşur; hastaneler performans kriterlerine göre A'dan E'ye kadar gruplandırılır.
Sağlık Bakanlığı taşra teşkilatı, illerdeki il sağlık müdürlükleri ve ilçelerdeki ilçe sağlık müdürlüklerinden oluşur. İl sağlık müdürlüğü, ildeki tüm sağlık kuruluşlarının koordinasyonundan ve acil sağlık hizmetlerinin sevk ve idaresinden sorumludur.
Taşra teşkilatı, Bakanlık politikalarının yerel düzeyde uygulanmasını denetler, hizmetlerin aksamadan yürümesini sağlar ve gerektiğinde müeyyide uygular. İhtiyaç duyulan yerlerde sağlık grup başkanlıkları da oluşturulabilir.