Osmanlı Devleti'nin İstanbul'u ablukaya alması üzerine Bizans İmparatorluğu Batı'nın askeri desteğini alabilmek için kiliselerin birleşmesini onaylamıştır. 1439'daki konsilde alınan bu karara karşı çıkan Gennadios Scholarios gibi Ortodoks din adamları 'İstanbul'da Katolik mitrası görmektense Osmanlı kavuğu görmeyi tercih ederiz' diyerek tepki göstermiştir.
İstanbul'un fethinden hemen sonra Fatih Sultan Mehmed, Katoliklerle birleşme politikasına şiddetle karşı çıkan II. Gennadios Scholarios'u yeni patrik tayin etmiştir. Patriğe geniş idari, hukuki ve dini yetkiler verilerek Osmanlı millet sisteminin temelleri atılmış ve tüm Ortodoks tebaa bu çatı altında birleştirilmiştir.
1711 Osmanlı-Rus savaşından sonra Rusya ile işbirliği yaptıkları gerekçesiyle yerli boyarların beylik atama hakkı kaldırılmıştır. Bunun yerine 1711'den (Boğdan) ve 1716'dan (Eflak) 1821'e kadar İstanbul Fener semtindeki Rum ailelerden seçilen voyvodalar bu bölgeye atanmış ve Rumen tarihçiler bu dönemi 'Bizans sonrası Bizans' olarak adlandırmıştır.
Bosna kökenli devşirme sadrazam Sokollu Mehmed Paşa, 1557 yılında Osmanlı devlet politikasının bir gereği olarak Peç (İpek) Sırp Patrikhanesini yeniden faaliyete geçirmiştir. Patrikhanenin başına kendi akrabalarından birini getirerek Balkanlardaki Sırp tebaanın Osmanlı merkezî yönetimine sadakatle bağlanmasını temin etmiştir.
İstanbul Patrikliği'nin iktidarı tek elde toplama çabaları sonucunda, Eflak Beyi'nin kardeşi olan Patrik I. Samuel Chatzeres'in girişimleriyle Sultan III. Mustafa bir ferman çıkarmıştır. Bu ferman doğrultusunda 1766'da İpek Patrikhanesi'nin, 1767'de ise Ohri Başpiskoposluğu'nun özerkliğine son verilerek tüm metropolitlikler doğrudan İstanbul'a bağlanmıştır.