Hayvanlarda görülen viral hastalıkların doğru teşhisi, enfeksiyonlarla mücadelede ve ekonomik kayıpların önlenmesinde en kritik aşamadır. Doğru bir etiyolojik tanımlama sayesinde gereksiz ilaç kullanımının önüne geçilir, koruma ve kontrol önlemleri zamanında alınır ve sağlıklı hayvanların aşılanmasıyla salgınların yayılması engellenir. Teşhis sürecinin başarısı, klinik belirtilere uygun doğru örnekleme yapılmasına, anamnezin eksiksiz alınmasına ve örneklerin laboratuvara bozulmadan ulaştırılmasına doğrudan bağlıdır. Ölen hayvanlardan örnek alınırken otoliz ve kokuşma süreçlerinin çok hızlı başladığı unutulmamalıdır. Bu nedenle, ölümü takip eden en kısa sürede nekropsi yapılmalı ve doku/organ örnekleri soğuk zincir şartlarında laboratuvara sevk edilmelidir. Örnekleme esnasında, hayvanlardan insanlara bulaşabilen zoonoz hastalık riskleri her zaman göz önünde bulundurulmalı; eldiven, önlük, gözlük ve maske gibi kişisel koruyucu ekipmanlar eksiksiz kullanılmalıdır. Şüpheli durumlarda özel mevzuat hükümlerine göre hareket edilmeli ve örneklerle birlikte laboratuvar bilgi formu eksiksiz doldurulmalıdır. Canlı hayvanlardan kan örneği alınırken kullanım amacına göre tüp seçimi yapılmalıdır. Eğer amaç virüs izolasyonu ise kanın pıhtılaşmasını önlemek amacıyla EDTA, heparin veya sodyum sitrat gibi antikoagulan maddeler içeren tüpler tercih edilmelidir. Serolojik çalışmalar için ise antikoagulan içermeyen, pıhtılaşmaya izin veren düz tüpler kullanılmalıdır. Mukozal yüzeylerden sürüntü alınırken svap adı verilen emici pamuklu çubuklar dokuya bastırılarak ve kendi etrafında çevrilerek kullanılmalı, ardından hemen uygun taşıma vasatına yerleştirilmelidir. Laboratuvara ulaştırılan doku, organ, dışkı ve svap örneklerinin analiz edilmeden veya hücre kültürüne ekilmeden önce bakteriyel ve fungal kontaminasyonlardan arındırılması gerekir. Bu ön hazırlık işlemlerinin bütününe inokulum hazırlama adı verilir. Organ ve dışkı örnekleri öncelikle antibiyotik içeren PBS veya hücre kültür vasatı içinde 1/10 oranında sulandırılır. Dışkı örnekleri iyice karıştırıldıktan sonra 3000 devir/dakika hızda 5-10 dakika santrifüj edilir ve üst sıvı 0,45 mikrometre por çapına sahip filtrelerden geçirilerek steril hale getirilir. Doku örnekleri ise homojenizatörler yardımıyla veya steril havanlarda steril kum ilavesiyle mekanik olarak parçalanır. Elde edilen homojenize karışım santrifüj edilerek üst fazı alınır ve yine 0,45 mikrometre por çaplı filtrelerden geçirilerek yeni steril tüplere aktarılır. Hazırlanan inokulumların sterilliğini kontrol etmek amacıyla genel bakteriyel besi yerlerine (agara) ekim yapılarak 37°C'de inkübe edilir. Kontaminasyon riski yüksek olan durumlarda por çapı 0,22 mikrometre olan daha hassas filtreler tercih edilir. Kandan lökosit hazırlama işlemi, virüs izolasyonu amacıyla antikoagulanlı tüplere alınan kanlardan iki farklı yöntemle yapılır. İlk yöntemde kan 1000 devirde 10 dakika santrifüj edilerek plazma, lökosit (buffy coat) ve eritrosit tabakalarına ayrıştırılır; ortadaki lökosit tabakası PBS ile yıkanarak toplanır. İkinci yöntemde ise Ficoll çözeltisi kullanılarak yoğunluk gradyanı santrifüjü uygulanır. Serolojik testlerde kullanılacak serum ise antikoagulansız tüplerdeki kanın pıhtılaşması sonrası 3000 devirde santrifüj edilmesiyle elde edilir ve hücre bazlı testlerde kullanılmadan önce komplement sistemini inaktive etmek amacıyla 56°C'de 30 dakika bekletilir. Viral antijenlerin doğrudan tespiti, enfeksiyonun aktif döneminde virüsün kendisinin veya yapısal proteinlerinin ortaya konulmasını sağlar. Virüs partikülleri ışık mikroskobuyla görülemeyecek kadar küçük olduğundan, doğrudan görsel tespit ancak bir milyon kata kadar büyütme yapabilen elektron mikroskopları ile mümkündür. Ancak yüksek maliyet ve uzmanlık gerektirmesi nedeniyle elektron mikroskopisi rutin teşhisten ziyade araştırma merkezlerinde tercih edilir. Rutin teşhiste virüs izolasyonu için hücre kültürleri, embriyolu tavuk yumurtaları ve deney hayvanları kullanılır. En sık kullanılan antijen tespit yöntemlerinden biri ELISA'dır. Özellikle Sandviç ELISA ve İmmuno-capture ELISA yöntemleri antijen tespiti amacıyla tasarlanmıştır. Sandviç ELISA'da plaka öncelikle aranan virüse özgü yakalayıcı antikorlarla kaplanır, üzerine örnek eklenir ve ardından enzimle işaretli konjugat antikor ilave edilerek substrat yardımıyla renk reaksiyonu oluşturulur. İmmunofloresan (IFT) ve İmmunoperoksidaz teknikleri ise enfekte doku kesitlerinde veya hücre kültürlerinde antijenlerin yerleşimini göstermek için kullanılır. İmmunofloresan yönteminde floresan ışıma veren FITC gibi boyalar kullanılırken, immunoperoksidaz yönteminde HRPO enzimi kullanılır. Hemaglütinasyon (HA) testi ise Orthomyxovirus ve Paramyxovirus gibi bazı zarflı virüslerin (veya Adenovirus, Parvovirus gibi bazı zarfsız virüslerin) dış yüzeylerinde bulunan hemaglütinin proteinlerinin eritrositleri kümeleştirme özelliğine dayanır. Bu test lam üzerinde hızlı aglütinasyon şeklinde veya 96 kuyucuklu V tabanlı plakalarda yavaş aglütinasyon şeklinde uygulanabilir. Yavaş aglütinasyonda virüs varlığında eritrositler dantela şeklinde yayılırken, virüs yokluğunda kuyucuğun dibine çökerek düğme görünümü oluşturur. Serolojik yöntemler, canlıda virüse karşı şekillenen antikor yanıtını belirleyerek enfeksiyon geçmişi, aşılama başarısı veya aktif enfeksiyon durumu hakkında bilgi verir. Serumda IgM sınıfı antikorların tespiti akut (yeni) bir enfeksiyona işaret ederken, IgG tespiti geçirilmiş bir enfeksiyonu veya başarılı bir aşılamayı gösterir. Antikor tespitinde Nötralizasyon Testi, İndirekt ELISA, Yarışmalı ELISA, Agar Jel İmmunodifüzyon (AGID) ve Hemaglütinasyon İnhibisyon (HI) testleri yaygın olarak tercih edilen yöntemler arasında yer alır. Nötralizasyon testi, virüsün hücrelerde enfeksiyon oluşturma yeteneğinin spesifik antikorlar tarafından engellenmesi esasına dayanır ve in-vitro (hücre kültürü) veya in-vivo (deney hayvanları) olarak gerçekleştirilebilir. Hücre kültüründe sitopatik etkinin (CPE) engellenmesi antikor varlığını kanıtlar. AGID testinde ise agar jeli içinde karşılıklı ilerleyen antijen ve antikorun birleştiği noktada gözle görülür bir presipitasyon çizgisi oluşur. Hemaglütinasyon İnhibisyon (HI) testinde ise antikorlar virüsün hemaglütinin proteinlerini bloke ederek eritrositleri çöktürmesini engeller ve eritrositler kuyucuk dibinde düğme şeklinde toplanır. Moleküler yöntemlerin başında gelen Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), virüsün nükleik asit dizilimindeki spesifik bir bölgenin in-vitro ortamda enzimatik olarak milyarlarca kez çoğaltılması işlemidir. PCR döngüsü sırasıyla yüksek sıcaklıkta çift sarmallı DNA'nın açılması (Denatürasyon), primerlerin hedef bölgeye bağlanması (Bağlanma/Annealing) ve polimeraz enziminin yeni zinciri sentezlemesi (Uzama/Extension) aşamalarından oluşur. Elde edilen PCR ürünleri agaroz jel elektroforezine tabi tutulup UV ışığı altında görüntülenerek virüsün varlığı kesin ve hızlı bir şekilde ortaya konulur.