Yıldırım Bayezid döneminde 1400 yılında Seyyid Ali Natta, seyyid ve şeriflerin işlerini tedvir etmekle görevlendirilen ilk nakîbüleşrâf olmuştur.
1826 yılında Evkaf-ı Hümâyun Nezâreti'nin kurulmasıyla, o güne kadar ilmiye teşkilatının yararlandığı vakıf gelirleri devlet bütçesine alınmış ve medreseler büyük zarara uğramıştır.
Osmanlı teşkilatına dair ilk eserlerden biri olan Âsafnâme'de sadrazam Lûtfi Paşa, devlet düzenine ve ulemânın durumuna dair eleştirel gözlemlerde bulunmuştur.
Mesleğin içerisinden gelen Taşköprîzâde Ahmed Efendi, 1540'larda medreselerde ilahiyat ve matematik ilimlerine rağbetin azaldığını ve basit el kitaplarıyla yetinildiğini belirtmiştir.
XVI. yüzyılın ikinci yarısında Gelibolulu Mustafa Âlî, Ebussuûd Efendi dışındaki âlimlerin eser vermediğini, rüşvet ve adam kayırmanın ilmiye mesleğini bitirdiğini savunmuştur.
XVII. yüzyılda IV. Murad ve Sultan İbrahim'e sunulan Koçi Bey risalelerinde, sık sık azillerin, rüşvetin ve yanlış mülâzemet uygulamasının ilmiye mesleğine verdiği zararlar anlatılmıştır.
XVII. yüzyıl bilgini Kâtib Çelebi, Mîzanü'l-hak fî ihtiyari'l-ehakk adlı eserinde Osmanlı medreselerinin ve ilim hayatının içine düştüğü buhranı tahlil etmiştir.
1836 yılından itibaren hekimbaşı unvanı yerine mülkiyeden tayinler yapılmaya başlanmış ve bu makamın ismi ser-tabîb-i şehriyârî olarak değiştirilmiştir.
XX. yüzyıl başlarında Şeyhülislâm Hayri Efendi medresenin ıslahı için büyük gayretler sarfetmiş ancak I. Cihan Harbi ve Osmanlı'nın tasfiyesi nedeniyle sonuç alınamamıştır.