Ünite 12: Nükleozomlar ve Kromatin Yapısı

Mitokondri ve Kloroplast DNA'ları

Ökaryotik hücrelerin çekirdeği dışında, mitokondrilerde ve bitki kloroplastlarında da az miktarda DNA bulunur. Bu organel DNA'ları dairesel yapadadır ve organellere özgü bazı spesifik proteinleri kodlama görevi üstlenir.

Hiperkromik Etkinin Ölçüm Sınırı

DNA'nın denatüre olması yani erimesi süreci laboratuvarda 260 nm dalga boyundaki absorbans artışı ile takip edilir. Tek sarmallı DNA, çift sarmallı forma göre bu dalga boyunda tam %42 daha fazla ışık geçirgenliği sağlar.

tRNA'nın Yapısal Sınırları ve Baz Çeşitliliği

Transfer RNA'lar 70 ile 99 arasında değişen ribonükleotit sayısına ve 23.000 ile 30.000 dalton arasında molekül ağırlığına sahiptir. Yapılarında normal bazların yanı sıra %10 civarında 4-tiyoüridin ve 1-metil guanozin gibi farklı modifiye bazlar barındırırlar.

Ribozomal RNA'nın Hücresel Oranı

Canlı organizmalarda en fazla bulunan RNA formu olan rRNA, birçok hücredeki toplam RNA miktarının yaklaşık %80'ini oluşturur. Prokaryotlarda üç, ökaryotlarda ise dört farklı tip ribozomal RNA mevcuttur.

Anahtar Kavramlar

NükleozomDNA ipliğinin histon proteinleri üzerine sarılmasıyla oluşan, yaklaşık 100 A° aralıklarla yerleşmiş nükleoprotein yapıdır. DNA'nın çekirdekte paketlenerek kromozomları oluşturmasında temel birimi teşkil eder.

Histon ProteinleriÖkaryotlarda DNA'nın paketlenmesinde görev yapan, histon olmayan proteinlere göre daha küçük yapıdaki temel proteinlerdir. H1, H2A, H2B, H3 ve H4 olmak üzere 5 ana tipi bulunur.

Linker DNANükleozomal proteinleri sarıp bir arada tutan ve H1 histonunun bağlanarak nükleozom oluşumunu desteklediği DNA segmentidir.

DenatürasyonSaflaştırılmış DNA çözeltisine uç pH değerleri uygulandığında veya sıcaklık 80 °C'nin üzerine çıkarıldığında çift sarmal yapının bozulması ve zincirlerin birbirinden ayrılması sürecidir.

Erime Noktası (Tm)DNA çift sarmalının %50'sinin tek sarmal hale geldiği kritik sıcaklık değeridir. Kooperatif bir erime davranışı gösterir ve spektrofotometrik olarak belirlenir.

Hiperkromik EtkiTek sarmallı DNA'nın, çift sarmallı DNA'ya kıyasla 260 nm dalga boyunda %42 daha fazla ışık absorpsiyonu (absorbans) göstermesi durumudur.

mRNA (Messenger RNA)Protein sentezi sırasında DNA'daki genetik bilginin protein yapısına aktarılmasında kalıp görevi gören ve organizmaya göre büyüklüğü değişen aracı RNA molekülüdür.

tRNA (Transfer RNA)Protein biyosentezinde amino asitleri bağlayarak ribozomlara taşıyan, 70-99 nükleotit uzunluğunda ve yapısında farklı bazlar barındıran tek zincirli RNA türüdür.

HibritleşmeFarklı türlere ait denatüre DNA zincirlerinin veya DNA ile RNA zincirlerinin baz dizilimlerindeki benzerlikler sayesinde karşılıklı eşleşerek ortak yapılar oluşturması sürecidir.

NükleazNükleik asitlerdeki fosfodiester bağlarını hidroliz yoluyla koparan, sindirim ve hücre içi yıkım faaliyetlerinde görev alan enzim grubudur.

Diğer Önemli Bilgiler

Lizozomal ve Pankreatik Nükleaz Faaliyetleri

Memelilerde pankreasta sentezlenip ince bağırsağa salgılanan nükleazlar sindirimde işlev görürken, ökaryotik hücrelerin lizozomlarında bulunan nükleazlar diğer hidrolitik enzimlerle birlikte eski hücre organellerinin parçalanmasını sağlar.

Ekzonükleaz ve Endonükleaz Ayrımı

Nükleaz enzimlerinden ekzonükleazlar nükleik asit zincirlerinin 5' veya 3' uçlarındaki fosfodiester bağlarını kırarak etki ederken, endonükleazlar zinciri uçlardan değil doğrudan ortadan kesen enzimlerdir.

Sınavda Dikkat Et

Nükleozomal histon sayısının 4 tane (H2A, H2B, H3, H4) olduğunu ve her nükleozomda bunlardan ikişer adet bulunduğunu mutlaka ezberleyin.
H1 histonunun nükleozomal histonlardan farklı olarak linker DNA'ya bağlanıp yapıyı bir arada tuttuğunu unutmayın.
Denatürasyon sıcaklığının (Tm) DNA çift sarmalının %50'sinin tek sarmal hale geldiği sıcaklık olduğunu karıştırmayın.
260 nm dalga boyunda absorbansın artmasıyla açıklanan 'hiperkromik etki' tanımı sınavda sıklıkla sorulan bir konsepttir.
rRNA'nın toplam RNA'nın yaklaşık %80'ini oluşturduğu ve canlıda en bol bulunan RNA formu olduğu bilgisini daima akılda tutun.
tRNA'nın amino asitleri taşıyan, 70-99 nükleotit uzunluğunda tek zincirli yapı olduğunu ve yapısında farklı bazlar içerdiğini unutmayın.
Nükleaz sınıflamasında ekzonükleazların uçları, endonükleazların ise zinciri ortadan kestiği ayrımına dikkat edin.