Uyuşmazlık veya ihtilaf, bir hakkın ortaya çıkması, kapsamı veya doğuracağı hukuki sonuçlar üzerinde tarafların anlaşamaması durumudur. Vergi uyuşmazlığı ise vergi idaresi ile mükellefler arasında vergi ödevi ilişkisinden dolayı ortaya çıkan hukuki anlaşmazlıkları ifade eder. Bu uyuşmazlığın temel kaynağını, mükellef ile vergi dairesi arasındaki anlayış farklılığı ya da görüş ayrılığı oluşturmaktadır. Vergi uyuşmazlıkları, ekonomideki değişikliklere paralel olarak sık sık değişen vergi kanunlarının anlaşılmasında ve uygulanmasında karşılaşılan güçlükler, vergi memurlarının hazineci yaklaşımları, mükelleflerin kanunen ödemeleri gereken vergiden daha az vergi ödeme ya da hiç ödememe eğiliminde olmaları gibi nedenlerle ortaya çıkar. Bu uyuşmazlıklar özellikle mükellefiyet, ceza kesme ve tahsil konularında yoğunlaşmaktadır. Mükellefiyetle ilgili uyuşmazlıklar vergi matrahı, vergi miktarı, muaflık ve istisnalar ile mükellefin şahsında yapılan hatalardan doğar. Ceza kesme ile ilgili uyuşmazlıklar, cezayı gerektiren fiilin işlenmediği ya da başka bir cezanın kesilmesi gerektiği iddialarından kaynaklanır. Tahsil uyuşmazlıkları ise tebliğ edilen ödeme emrinin konusunu oluşturan borcun tamamen veya kısmen ödendiği ya da bu borcun zaman aşımına uğradığı iddialarından doğmaktadır. Bunların yanı sıra, vergi kanunlarının anayasaya, tüzük ve yönetmeliklerin de kanunlara aykırılığı iddiaları uyuşmazlıklara neden olabilmektedir. Diğer idari işlemler gibi, vergilendirme işlemleri de yetki, şekil, sebep, konu ve amaç yönlerinden hukuka aykırı olabilirler. İdari işlemlerin bu beş unsurundan herhangi biri ile ilgili olarak ortaya çıkabilecek hukuka aykırılıklar, menfaatleri ihlal edilenler tarafından açılan iptal davalarının konusunu oluşturmaktadır. Bu unsurlardaki sakatlıklar işlemin iptal edilmesine yol açar. Yetki unsuru yönünden hukuka aykırılık; yer, zaman, kişi ve konu bakımlarından yetkisizlik hâlleri olarak dört grupta incelenir. Yer bakımından yetkisizlik, idarenin yetkisini kanunla belirlenen coğrafi alanın dışında kullanmasıdır. Zaman bakımından yetkisizlik, idarenin yetkisini kanunla belirlenen süreler (zamanaşımı) geçtikten sonra kullanmasıdır. Kişi bakımından yetkisizlik (yetki gaspı), idare adına karar alma yetkisi bulunmayan bir görevlinin karar almasıdır. Konu bakımından yetkisizlik ise görevlilerin ancak kanunla belirlenen konularda yetki kullanabilmesi kuralının dışına çıkılmasıdır. Şekil yönünden hukuka aykırılık, vergilendirme işlemlerinin önceden belirlenmiş usul ve şekil kurallarına uygun yapılmamasıdır. Sebep yönünden hukuka aykırılık, idari işlemin dayanağını oluşturan durum, olay ve işlemlerin hukuka aykırı olmasıdır; vergi tarhında sebep vergiyi doğuran olaydır. Konu yönünden hukuka aykırılık, işlemin doğurduğu hukuki sonucun kanuna aykırı olmasıdır. Amaç yönünden hukuka aykırılık ise kamusal yetkilerin kamu yararı dışında başka amaçlarla kullanılmasıdır. Vergi uyuşmazlıklarının idari çözüm yolları, uyuşmazlık konusunun vergi yargısı mercilerine başvurulmadan, idari aşamada ortadan kaldırılmasını ifade eder. Bu yollara başvuru zorunlu olmayıp isteğe bağlıdır. İdari çözüm yollarına başvuran ancak kendi yararına sonuç elde edemeyen mükellefler yargısal çözüm yolunu da tercih edebilirler. Türk vergi hukukunda düzeltme, uzlaşma ve cezalarda indirim olmak üzere üç idari çözüm yolu bulunur. Vergi hatalarında düzeltme ve reddiyat, vergiye ilişkin hesaplarda veya vergilendirmede yapılan hatalar yüzünden haksız yere fazla veya eksik vergi istenmesi veya alınması durumunda uygulanır. Bu hatalar tahakkuk zamanaşımı süresi içinde mükellefin talebi üzerine veya idarece resen düzeltilebilir. Bu düzeltme imkanı, muhtemel bir uyuşmazlık konusunu ve dolayısıyla yargıya başvurma gereğini ortadan kaldırabilmektedir. Uzlaşma, ikmalen, resen ve idarece tarh edilen vergilerle bunlara ilişkin kesilen vergi ziyaı cezalarının tahakkuk edecek miktarları konusunda idarenin mükellefler ile anlaşmasını ifade eder. Uzlaşma vaki olursa mükellef dava açamaz. Cezalarda indirim ise vergi ziyaı, usulsüzlük ve özel usulsüzlük cezalarının dava konusu yapılmaması koşuluyla belirli oranlarda indirilmesini öngören ve mükellefleri yargı yerine idari çözüme teşvik eden bir diğer yoldur. Türkiye'de vergi yargısı örgütü vergi mahkemeleri, bölge idare mahkemeleri ve Danıştay'dan oluşmaktadır. Vergi mahkemeleri, vergi uyuşmazlıklarında görevli ilk derece yargı mercileridir. Bu mahkemeler genel bütçeye, il özel idarelerine, belediye ve köylere ait vergi, resim ve harçlar ile benzeri mali yükümler ve bunların zam ve cezalarına ilişkin uyuşmazlıkları ve 6183 sayılı Kanun'un uygulanmasından doğan uyuşmazlıkları çözümler. Bölge idare mahkemeleri, ilk derece mahkemelerince verilen ve istinaf yolu açık olan nihai kararlara karşı yapılan istinaf başvurularını inceleyip karara bağlamakla görevlidir. Ayrıca yargı çevresindeki idare ve vergi mahkemeleri arasında çıkan görev ve yetki uyuşmazlıklarını kesin karara bağlar. Bölge idare mahkemelerinde biri idare diğeri vergi olmak üzere en az iki daire bulunur. Danıştay, Türkiye Cumhuriyeti Anayasası ile görevlendirilmiş Yüksek İdare Mahkemesi, danışma ve inceleme merciidir. İdari mahkemelerce verilen ve kanunun başka bir idari yargı merciine bırakmadığı karar ve hükümlerin son inceleme (temyiz) mercii olup, kanunda gösterilen belli davalara da ilk ve son derece mahkemesi olarak bakar. Danıştay bünyesinde üçüncü, dördüncü, yedinci ve dokuzuncu daireler vergi dava dairesi olarak görev yapmaktadır. Danıştay, bölge idare mahkemeleri ve vergi mahkemelerinin görev alanına giren uyuşmazlıkların çözümünde uygulanacak usuller 2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanunu'nda düzenlenmiştir. Vergi yargılaması sürecinde resen araştırma ilkesi, yazılı olma ilkesi, toplu yargılama ilkesi ve kıyas yapılmaması ilkesi geçerlidir. Resen araştırma ilkesi gereği, mahkemeler bakmakta oldukları davalara ait her türlü incelemeyi kendiliğinden yaparlar. Tarafların ileri sürdükleri delillerle bağlı kalmaksızın kendiliklerinden delil araştırması yapabilirler, taraflardan ve ilgili diğer yerlerden bilgi ve belge talep edebilirler. Yazılı olma ilkesi uyarınca incelemeler evrak üzerinden yapılır; ancak tarafların isteği üzerine veya mahkemece resen duruşma yapılmasına da karar verilebilir. Vergi davası, vergi mahkemesi başkanlığına hitaben yazılmış bir dilekçe ile açılır. Vergi mahkemelerinde dava açma süresi, özel kanunlarında ayrı süre gösterilmeyen hâllerde otuz gündür. Vergi mahkemelerinde dava açılması, tarh edilen vergi, resim ve harçlar ile bunların zam ve cezalarının dava konusu edilen bölümünün tahsil işlemlerini (yürütmeyi) kendiliğinden durdurur. Ancak ihtirazi kayıtla verilen beyannameler ve tahsil aşamasındaki işlemlere karşı açılan davalar bu kuralın istisnalarıdır.