Hastane kendi mülkü olan bir binada hizmet veriyorsa, muhasebe kayıtlarında kira gideri görünmez. Ancak ekonomik maliyet analizinde, binanın alternatif olarak kiraya verilmesi durumunda elde edilecek potansiyel gelir fırsat maliyeti olarak hesaba katılır.
Sağlık kurumları muhasebe sisteminde '10' kodu, Esas Hizmet Üretim Gider Yerlerini temsil eder. Bu kod altında poliklinikler, klinikler, teşhis ve tedavi üniteleri gibi asıl hizmet üretiminin yapıldığı birimler izlenir.
Muhasebe sisteminde '30' kodu, Yardımcı Hizmet Gider Yerlerini ifade eder. Doğrudan hizmet üretimi yapmayan ancak üretimin devamlılığını sağlayan yemekhane, çamaşırhane, bakım-onarım ve ısı merkezi gibi birimler bu kodla izlenir.
Gider çeşitleri sınıflandırmasında '0' kodu İlk Madde ve Malzeme Giderlerini (ilaç, serum, sarf malzemeleri) temsil ederken, '1' kodu Hizmet üretimi için görev yapan temizlik ve teknik bakım personeli gibi işçilerin Ücret ve Giderlerini gösterir.
Gider çeşitleri desimal sisteminde '3' kodu, Dışarıdan Sağlanan Fayda ve Hizmetleri temsil eder. Bu kapsamda elektrik, su, doğalgaz, telefon, internet ve dış laboratuvar hizmetleri gibi dışarıdan tedarik edilen tüm giderler izlenir.
Sağlık kurumlarında kullanılan tıbbi cihazların amortisman oranları faydalı ömürlerine göre değişir. Örneğin, 8 yıl faydalı ömrü olan bir cihaz için %12,5; 7 yıl için %14,28; 6 yıl için ise %16,66 amortisman oranı uygulanır.
Kontrol edilebilirlik sınıflandırması, yönetim muhasebesinde sorumluluk muhasebesi sisteminin kurulmasını sağlar. Bu sayede birim yöneticileri sadece kendi kararlarıyla etkileyebildikleri (fazla mesai vb.) maliyetlerden sorumlu tutulur.
21. yüzyılda sağlık kurumlarında maliyetlerin doğru yönetimi için ABC yöntemi yaygınlaşmaktadır. Bu yöntem, her faaliyeti ayrı bir maliyet merkezi olarak ele alarak dolaylı maliyetlerin hizmetlere daha adil ve gerçekçi dağıtılmasını sağlar.